Il s'agit de caractériser et d’évaluer l’état et les trajectoires (vulnérabilité et résilience) des écosystèmes lacustres, de leur biodiversité (y compris espèces emblématiques et/ou indicatrices) et de leur fonctionnement. 
La surveillance et l’évaluation écologique de ces milieux est un challenge scientifique et technique qui nécessite de nombreux développements tant en termes de méthodes d’acquisition de connaissances qu’en termes d’analyse et d’interprétation des données. Les nouvelles technologies disponibles (télédétection, capteurs, biologie moléculaire, hydroacoustique), les nouvelles approches d’écologie fonctionnelle et la modélisation offrent d’importantes perspectives. Les sciences participatives, notamment par la mobilisation des gestionnaires et parties prenantes, sont également une piste intéressante pour développer une surveillance à large échelle et impliquer ces acteurs dans le diagnostic. 

Parmi les 5 grandes causes d’érosion de la biodiversité (pollutions, destruction et fragmentation des habitats, changement climatique, espèces invasives, surprélèvements), une attention particulière sera portée aux effets du changement climatique, en interaction avec les pressions plus locales sur lesquelles l’effort de préservation ou de restauration peut porter. 
La composante thermique est particulièrement importante dans le fonctionnement des lacs et pourrait agir de manière synergique avec d’autres pressions voire réduire certains espoirs de restauration. En outre, des modifications climatiques rapides sont observées au niveau mondial, les scénarios d’évolution sont de plus en plus inquiétants, et des lacunes de connaissances persistent quant à la résistance et la vulnérabilité de ces écosystèmes. 

Le Pôle se concentrera plus particulièrement sur les mesures visant la restauration des zones rivulaires et littorales, au vu de l’importance majeure de ces biotopes dans le fonctionnement des écosystèmes, des importantes pressions d’artificialisation de ces zones, de l’influence majeure des modes de gestion des plans d’eau et des espèces invasives sur la qualité des habitats littoraux pour la faune, en particulier les espèces à forts enjeux de conservation, (notamment lié à l’état des peuplements de macrophytes), des conséquences probables du changement climatique sur l’intensité du marnage et du manque de connaissances scientifiques sur l’efficacité des mesures envisageable. 

Les écosystèmes d’Outre-mer sont des hot-spots de la biodiversité mondiale. Toutefois les connaissances relatives aux écosystèmes lacustres restent très parcellaires, tant au niveau de la taxonomie et de l’écologie des espèces que du fonctionnement de ces écosystèmes. Ces lacunes compliquent la surveillance et les évaluations écologiques de ces milieux. Le Pôle s’emploiera à mobiliser ses compétences pour contribuer à l’enrichissement des connaissances scientifiques et techniques et pour appuyer la préservation de la biodiversité des écosystèmes lacustres d’Outre-mer. 

Le Pôle veillera à mobiliser ses compétences et à valoriser les travaux qu’il conduit pour soutenir la mise en œuvre des politiques publiques qui concernent les écosystèmes lacustres et la biodiversité qu’ils abritent (DCE, DHFF, DO, règlement européen sur les espèces exotiques envahissantes, plans nationaux d’action en faveur d’espèces menacées inféodées à ces milieux, SNB  et plan biodiversité, doctrine ERC, espaces protégés, actions régionales ou départementales de soutien aux gestionnaires : parcs naturels régionaux, Cap filière piscicole, etc.). Il s’attachera en particulier à : 

• éclairer scientifiquement les décideurs, les parties prenantes et les gestionnaires, notamment en participant à des missions d'expertise du niveau local au niveau international (CS et GT nationaux, GT européens, demandes spécifiques…), 
• valoriser les résultats des projets R&D qu’il conduit, notamment à travers la rédaction de documents de référence (synthèses de connaissances, guides, protocoles,…) et la diffusion d’outils opérationnels (applications, modèles, innovations techniques…), 
• organiser des actions de communication (séminaires de restitution des projets du Pôle, séminaires d’échanges science-gestion, actions de communication à destination du grand public, des propriétaires et des gestionnaires), 
• organiser/contribuer à la mise en place de formations continues et initiales,
• poursuivre la gestion d’une base de données nationale de référence rassemblant notamment les données de surveillance DCE et analyser les synergies possibles avec le système d’information de l’Observatoire des lacs (OLA) et les autres bases de données relatives aux écosystèmes lacustres, 
• contribuer à la mise en place d'un centre de ressources pour les milieux lacustres.