Les écosystèmes lacustres (naturels ou artificiels) concentrent à la fois une très grande biodiversité et de nombreux usages anthropiques. Leur gestion représente un enjeu majeur des stratégies nationales et internationales pour la biodiversité. Cependant, les politiques environnementales se heurtent encore à d’importantes lacunes de connaissances sur ces milieux et il n’existe pas aujourd’hui d’indicateurs synthétiques permettant d’avoir une vision nationale de l’état et des trajectoires de la biodiversité lacustre. Les observations nécessitent, encore souvent, le déploiement de moyens humains et techniques importants, ainsi que le recours à des méthodes souvent invasives, sélectives et limitées dans le temps et l'espace. En outre, si les réseaux de surveillance de la directive-cadre sur l’eau réalisent une évaluation périodique de la qualité des masses d’eau, elle se limite aux grands milieux (généralement supérieur à 50 ha) et à quelques groupes taxonomiques bioindicateurs. Enfin, il existe actuellement très peu de retours d’expérience scientifiquement documentés pour soutenir les mesures de gestion qui permettraient de préserver ou restaurer efficacement la biodiversité lacustre.

L’axe 1 propose de lever ces verrous en développant des méthodes innovantes de surveillance des écosystèmes lacustres, des indicateurs synthétiques d’état de la biodiversité lacustre et de ses trajectoires, et en analysant l’efficacité des mesures de gestion envisageables.

Le changement climatique est l’une des principales causes d’érosion de la biodiversité des écosystèmes lacustres. Le fonctionnement écologique (flux de matière, d’énergie et d’oxygène) de ces écosystèmes est fortement dépendant de mouvements thermodynamiques au sein de la colonne d’eau. Le changement climatique pourrait donc profondément modifier leur fonctionnement et entraîner consécutivement la disparition de nombreuses espèces. Le changement climatique pourrait aussi interagir avec d’autres pressions anthropiques, comme l'eutrophisation, et contrecarrer alors les efforts de restauration, de préservation écologique dédiés à ces milieux aquatiques.

L’axe 2 propose de combiner des approches interdisciplinaires et des méthodes innovantes pour suivre et anticiper les évolutions thermiques des écosystèmes lacustres, évaluer les effets sur la biodiversité ainsi que sur le fonctionnement de ces milieux (en particulier stockage et émission de carbone) et tester des solutions de gestion qui permettraient d’atténuer les impacts.

Les écosystèmes lacustres rendent de nombreux services écosystémiques mais sont soumis à de nombreuses pressions locales (chimiques et hydromorphologiques) résultant des activités humaines dans les bassins versants, sur les zones rivulaires ou au niveau du plan d’eau lui-même. Ces pressions peuvent modifier le fonctionnement des milieux aquatiques et entraîner consécutivement l'altération des services rendus et la disparition de nombreuses espèces. Si l'eutrophisation a fait l’objet de nombreux travaux de recherche, les polluants émergents, le développement des énergies renouvelables (photovoltaïque flottant, hydroélectricité) et la surfréquentation touristique des milieux soulèvent de nouvelles questions. En outre, face au constat des dégradations chimiques et hydromorphologiques des écosystèmes lacustres, il apparait urgent de capitaliser les connaissances pour proposer des solutions de restauration écologiques efficaces.

L’axe 3 propose de réexaminer les pollutions historiques sous l’angle de l’effet synergique potentiel du changement climatique, de s’emparer de la question des effets des polluants émergents et des nouvelles problématiques de surfréquentation des espaces naturels et de développement des énergies renouvelables, tout en investiguant dès maintenant la recherche de solutions pour restaurer, renaturer les écosystèmes dégradés ou rechercher des mesures d’atténuation efficaces des principales pressions.

Les recherches et les suivis conduits sur les écosystèmes lacustres (au sein du Pôle et en dehors) génèrent un grand nombre de données et de nouvelles connaissances. Toutefois leur utilité réelle pour les politiques publiques, pour la société, pour des actions concrètes sur le terrain, nécessite de les rassembler, de les mettre à disposition et de les rendre assimilables par le plus grand nombre. Les actions de valorisation, de transfert, d’expertise et de médiation scientifiques, sont une des vocations fondamentales du Pôle R&D ECLA.

L’axe 4 propose de centraliser, d’organiser et de mettre à disposition les données, les connaissances et l'expertise acquises sur les écosystèmes lacustres. Il s’attache également à accélérer le transfert des savoirs vers la société en s’appuyant sur la valorisation scientifique et technique, sur des actions de formation et en développant des outils innovants de médiation scientifique. L’ensemble de ce travail doit permettre au Pôle R&D ECLA d’être un centre de référence national sur les écosystèmes lacustres pour les scientifiques, les décideurs, les gestionnaires et le grand public.