Description du Projet

Contexte du Projet :

Le phytoplancton est requis pour biosurveillance des lacs. En France, un indice biotique, Indice Phytoplancton Lacustre, permet d’évaluer la qualité écologique des plans d’eau. Il se base sur le comptage en microscopie des espèces composant le phytoplancton. Cette approche présente des inconvénients comme la difficulté d’identification d’espèces trop petites ou cryptiques. Par ailleurs, aucune méthode n'existe pour les DROM.

Objectifs du Projet :

L’approche métabarcoding ADNe permet d’éviter les écueils de la microscopie (débit, comparabilité) et présente donc un intérêt à être déployée en particulier dans les DROM.

Résultats du Projet

Ce projet a permis le développement d‘indices biotiques utilisant le métabarcoding du phytoplancton. Des protocoles d’échantillonnage, d'extractions, de PCR et bioinformatiques ont été testés et mis en place. Des métriques taxonomy free ont été développés et testés sur 599 échantillons de lacs métropolitains et évaluent de manière robuste le niveau en phosphore des lacs. Ces indices ont été testés sur les DROM, mais le peu de données ne permet pas d'assoir leur transférabilité dans ces milieux. Des échantillonnages sont prévus en 2026, 2027 dans les DROM pour aider au développement d'outils adaptés.

Pour aller plus loin

Liens Utiles :

https://carrtel-collection.hub.inrae.fr/barcoding-databases/phytool

https://revue-set.fr/article/view/9926

https://zenodo.org/records/16942527

Contact : frederic.rimet[at]inrae.fr