Description du Projet

Contexte du Projet :

Le phytoplancton est requis pour biosurveillance des lacs. En France, un indice biotique, Indice Phytoplancton Lacustre, permet d’évaluer la qualité écologique des plans d’eau. Il se base sur le comptage en microscopie des espèces composant le phytoplancton. Cette approche présente des inconvénients comme la difficulté d’identification d’espèces trop petites ou cryptiques. Par ailleurs, aucune méthode n'existe pour les DROM.

Objectifs du Projet :

L’approche métabarcoding ADNe permet d’éviter ces écueils et présente donc un intérêt à être testée en particulier pour les DROM.

Résultat du Projet

Ce projet a permis le développement d‘indices biotiques utilisant le séquençage ADNe métabarcoding du phytoplancton. Des protocoles d’échantillonnage, d'extractions d'ADN, de PCR et des pipelines bioinformatiques ont été testés et mis en place. Une métrique taxonomy free et un indice de topologie des réseaux écologiques ont été développés et testés sur 599 échantillons de lacs métropolitains et évaluent de manière robuste le niveau en phosphore des lacs. Ces indices ont été testés sur les DROM, mais le peu de données ne permet pas d'assoir avec certitude leur transférabilité dans ces milieux tropicaux.

Pour aller plus loin

Liens Utiles :

https://carrtel-collection.hub.inrae.fr/barcoding-databases/phytool

Contact : frederic.rimet@inrae.fr